cytoscape3.9.1是一款功能十分強(qiáng)大的生物科學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件，該軟件專門為從事生物科學(xué)研究行業(yè)的用戶量身定制，軟件擁有人性化的UI用戶界面，操作簡單易上手，能夠幫助用戶高效率地完成圖形化的生物數(shù)據(jù)分析，并且自動生成圖表分析結(jié)果，大大提高用戶的工作效率，有需要的小伙伴千萬不要錯過哦。

【功能介紹】

　　公共數(shù)據(jù)庫客戶端

　　Cytoscape是作為一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導(dǎo)入網(wǎng)絡(luò)和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務(wù)客戶端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持導(dǎo)入/導(dǎo)出標(biāo)準(zhǔn)文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導(dǎo)出，供其他生物信息學(xué)工具或你自己的應(yīng)用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡(luò)，應(yīng)用布局，或圖像導(dǎo)出。

　　會話文件

　　你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設(shè)置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網(wǎng)絡(luò)、屬性(節(jié)點(diǎn)/邊緣/網(wǎng)絡(luò))、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點(diǎn)和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風(fēng)格。

　　布局

　　在二維空間布局網(wǎng)絡(luò)。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導(dǎo)向、邊緣加權(quán)和yFiles有機(jī)布局。您也可以使用類似于其他圖形應(yīng)用程序用戶界面的手動布局工具。

【軟件特色】

　　以多種多樣規(guī)范格式載入分子結(jié)構(gòu)和基因遺傳相互影響數(shù)據(jù)集

　　新項目和集成化全局?jǐn)?shù)據(jù)集和作用注解

　　在這種數(shù)據(jù)信息中間創(chuàng)建強(qiáng)勁的可視化投射

　　應(yīng)用體細(xì)胞主視圖應(yīng)用軟件實行高級剖析和建模

　　可視化和剖析人為因素方案策劃的路徑數(shù)據(jù)集，如維基百科路徑、核反應(yīng)堆和KEGG。