Primer是由加拿大Premier公司打造的一款非常專業(yè)的引物設(shè)軟件，該軟件主要為廣大用戶提供了四大模塊，提供了引物設(shè)計、限制性內(nèi)切酶位點分析、DNA基元(motif)查找等功能，有了它，設(shè)計人員們就可以以更高效的方式來完成工作，并且該版本為最新版，不僅功能齊全，而且性能強大。

【功能特色】

　　“Premier”的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設(shè)計、限制性內(nèi)切酶位點分析和DNA 基元(motif)查找。“Premier”還具有同源性分析功能，但并非其特長，在此略過。此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設(shè)計簡并引物，另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。

　　有時需要根據(jù)一段氨基酸序列反推到DNA 來設(shè)計引物，由于大多數(shù)氨基酸(20 種常見結(jié)構(gòu)氨基酸中的18 種)的遺傳密碼不只一種，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列時，會遇到部分堿基的不確定性。這樣設(shè)計并合成的引物實際上是多個序列的混和物，它們的序列組成大部分相同，但在某些位點有所變化，稱之為簡并引物。遺傳密碼規(guī)則因物種或細(xì)胞亞結(jié)構(gòu)的不同而異，比如在線粒體內(nèi)的遺傳密碼與細(xì)胞核是不一樣的。“Premier”可以針對模板DNA 的來源以相應(yīng)的遺傳密碼規(guī)則轉(zhuǎn)換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結(jié)構(gòu)的不同遺傳密碼規(guī)則供用戶選擇，有纖毛蟲大核(Ciliate Macronuclear)、無脊椎動物線粒體(Invertebrate Mitochondrion)、支原體(Mycoplasma)、植物線粒體(Plant Mitochondrion)、原生動物線粒體(Protozoan Mitochondrion)、一般標(biāo)準(zhǔn)(Standard)、脊椎動物線粒體(Vertebrate Mitochondrion)和酵母線粒體(Yeast Mitochondrion)。

【使用技巧】

　　其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點分析及基元查找功能比較簡單，點擊該功能按鈕后，選擇相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶或基元(如-10 序列，-35 序列等)，按確定即可。常見的限制性內(nèi)切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內(nèi)切酶或基元。

　　進行引物設(shè)計時，打開DNA序列后點擊按鈕primer，出現(xiàn)“search criteria”窗口，有多種參數(shù)可以調(diào)整。搜索目的(Seach For)有三種選項，PCR 引物(PCR Primers)，測序引物(Sequencing Primers)，雜交探針(Hybridization Probes)。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時查找上、下游引物(Sense/Anti-sense Primer，或Both)，或者成對查找(Pairs)，或者分別以適合上、下游引物為主(Compatible with Sense/Anti-sense Primer)。另外還可改變選擇區(qū)域(Search Ranges)，引物長度(Primer Length)，選擇方式(Search Mode)，參數(shù)選擇(Search Parameters)等等。使用者可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項參數(shù)。如果沒有特殊要求，建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按search，隨之出現(xiàn)的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時，再按OK，這時搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn)，有三種顯示方式，上游引物(Sense)，下游引物(Anti-sense)，成對顯示(Pairs)。默認(rèn)顯示為成對方式，并按優(yōu)劣次序(Rating)排列，滿分為100，即各指標(biāo)基本都能達(dá)標(biāo)。

　　點擊其中一對引物，如第1#引物，并把上述窗口挪開或退出，顯示“Peimer Premier”主窗口， 所得結(jié)果分三部分，最上面是圖示PCR 模板及產(chǎn)物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì)，最下面是四種重要指標(biāo)的分析，包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)(Hairpin)，二聚體(Dimer)，錯誤引發(fā)情況(False Priming)，及上下游引物之間二聚體形成情況(Cross Dimer)。當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時，按鈕由變成，點擊該按鈕，在左下角的窗口中就會出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況。一對理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有，只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應(yīng)用。

　　在需要對引物進行修飾編輯時，如在5’端加入酶切位點，可點擊，然后修改引物序列。若要回到搜索結(jié)果中，則點擊按鈕。如果要設(shè)計簡并引物，只需根據(jù)源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規(guī)則，反推至DNA 序列即可。對簡并引物的分析不需像一般引物那樣嚴(yán)格。總之，“Premier”有優(yōu)秀的引物自動搜索功能，同時可進行部分指標(biāo)的分析，而且容易使用，是一個相當(dāng)不錯的軟件。