Geneious是一款功能強(qiáng)大的梯形擬合和峰值調(diào)用軟件，能夠幫助用戶輕松快速的生成基因型微衛(wèi)星位點(diǎn)和等位基因列表，提升大家的工作效率。軟件支持序列對(duì)比和系統(tǒng)學(xué)分析、毗連群、引物設(shè)計(jì)和克隆和限制性分析等，讓分子生物和生物化學(xué)研究更加方便快捷。

【軟件功能】

　　1、NGS分析和基因組學(xué)，使用行業(yè)領(lǐng)先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)（任何長度、成對(duì)端、條形碼）的從頭組裝或參考映射。對(duì)數(shù)據(jù)的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式分析。

　　2、序列圖和色譜分析，修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列?；蝾A(yù)測(cè)、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動(dòng)標(biāo)注?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動(dòng)梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。

　　3、對(duì)齊和樹構(gòu)建，使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對(duì)DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對(duì)和多種比對(duì)。查看和編輯實(shí)時(shí)翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評(píng)審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹，并為公開準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。

　　4、分子克隆，查看質(zhì)粒圖，自動(dòng)注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點(diǎn)、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計(jì)引物，找到CRISPR站點(diǎn)并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。

　　5、搜索、共享和自動(dòng)化，針對(duì)NCBI進(jìn)行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動(dòng)化的工作流程，以提高效率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯(cuò)誤。

　　6、SnapGene文件導(dǎo)出，將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。

　　7、CRISPR-CPF1特異性評(píng)分，自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點(diǎn)使用新的特異性評(píng)分，這是根據(jù)對(duì)您選擇的數(shù)據(jù)庫的非目標(biāo)分析計(jì)算出來的。

　　8、智能NGS導(dǎo)入，只需一個(gè)簡(jiǎn)單的步驟就可以將任何類型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。

　　9、CRISPR Cpf1選項(xiàng)，添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點(diǎn)的支持。在A和T豐富序列中找到位點(diǎn)，并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。

　　10、RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖

　　在交互式火山圖中可視化基因表達(dá)，可以用來突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。