Geneious Prime是一款功能強大的專業(yè)分子生物學(xué)和序列分析工具套件，為用戶提供了便捷的梯形擬合和峰值調(diào)用功能，幫助用戶快速生成基因型微衛(wèi)星位點和等位基因列表。軟件已經(jīng)成功破解，去除了各種功能限制，用戶可以無限制的免費使用軟件的全部功能。

【軟件特色】

　　1、NGS預(yù)處理

　　導(dǎo)入Illumina，PacBio和NanoPore讀取

　　修剪，過濾和解復(fù)用單端和成對端數(shù)據(jù)

　　合并配對的讀

　　重復(fù)數(shù)據(jù)刪除

　　錯誤糾正和規(guī)范化

　　濾除嵌合體

　　學(xué)到更多

　　2、制圖和重新組裝

　　只需在業(yè)界領(lǐng)先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換

　　支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配

　　組裝微生物基因組，質(zhì)粒和其他環(huán)狀序列時產(chǎn)生環(huán)狀重疊群

　　基因組比較和MAUVE基因組比對結(jié)束

　　映射程序包括BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

　　從頭組裝算法，包括SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet

　　3、變體調(diào)用和表達分析

　　使用FreeBayes調(diào)用SNP /變體

　　使用同步的基因組視圖對表格結(jié)果進行實時過濾

　　在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計算和比較表達水平

　　使用PCA和火山圖進行可視化

　　4、序列分析

　　修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件

　　更正基礎(chǔ)調(diào)用并創(chuàng)建共識序列

　　注釋主題，ORF和重復(fù)

　　預(yù)測基因和結(jié)構(gòu)元素

　　通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進行實時注釋

　　快速翻譯選擇內(nèi)容，或顯示注釋或所選框架的翻譯

　　動態(tài)圖和統(tǒng)計信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點，AA組成等

　　5、序列比對

　　DNA或蛋白質(zhì)的多重和成對序列比對，包括全基因組比對

　　與包括Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內(nèi)的可信算法保持一致

　　使用實時翻譯和突出顯示查看和編輯路線

　　6、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)

　　使用Geneious Prime 2021樹構(gòu)建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構(gòu)建樹

　　可視化，編輯和標記您的樹

　　交互式距離矩陣查看器

　　出版物質(zhì)量出口

　　7、微衛(wèi)星分析

　　導(dǎo)入原始ABI跟蹤文件

　　修剪，預(yù)測和手動調(diào)整峰

　　Bin進入等位基因

　　產(chǎn)生等位基因調(diào)用的表格輸出

　　8、分子克隆

　　查看質(zhì)粒圖譜，自動注釋載體以及帶有注釋的復(fù)制粘貼序列

　　一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆

　　基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

　　TOPO克隆

　　克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤

　　密碼子優(yōu)化和反向翻譯

　　沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點

　　模擬PCR，消化和連接

　　CRISPR站點查找器

　　9、底漆設(shè)計

　　自動設(shè)計針對任何目標區(qū)域或整個序列的PCR和測序引物以及雜交探針

　　在序列視圖中輕松添加引物

　　設(shè)計基本和簡并PCR引物

　　在設(shè)計過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸

　　引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結(jié)合位點

　　篩選物理性質(zhì)，發(fā)夾和引物二聚體

　　以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物

　　10、數(shù)據(jù)管理與協(xié)作

　　拖放導(dǎo)入文件和文件夾，包括 Vector NTI數(shù)據(jù)庫

　　將電子表格中的元數(shù)據(jù)導(dǎo)入序列和其他文檔

　　智能NGS導(dǎo)入–一步導(dǎo)入任何種類的SAM，BAM，GFF，BED和VCF文件

　　直觀的基于文件夾的項目組織

　　無縫集成共享數(shù)據(jù)庫

　　快速搜索數(shù)據(jù)庫中的所有序列和元數(shù)據(jù)

　　廣泛的出口選擇

　　11、搜索和爆炸

　　直接訪問NCBI公共BLAST數(shù)據(jù)庫

　　私人本地數(shù)據(jù)庫的自定義BLAST

　　集成搜索外部數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和UniProt

　　將序列直接上傳到GenBank

　　在PubMed中搜索文獻

　　針對本地或共享數(shù)據(jù)庫的高級搜索

　　12、工作流程

　　使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動化批量分析的工作流

　　超過20種內(nèi)置工作流，用于執(zhí)行管道，包括將變體應(yīng)用于參考序列，圖譜讀取然后查找SNP和隨機采樣序列

　　通過編寫自定義代碼工作流的選項擴展功能

　　13、API和開發(fā)人員

　　使用插件開發(fā)套件添加特殊功能或與其他系統(tǒng)集成

　　添加您喜歡的算法，數(shù)據(jù)庫或可視化

【使用教程】

　　一、RNA/DNA二級結(jié)構(gòu)折疊查看器

　　1、默認情況下，當選擇寡序列中僅示出這個瀏覽器。如果要在非寡核苷酸序列上使用RNA折疊，請轉(zhuǎn)到工具→首選項→外觀和行為，然后啟用顯示所有序列上的顯示DNA/RNA折疊視圖選項。這將顯示任何小于3000 bp序列的標簽。如果選擇的序列是DNA，則選項卡將標記為DNA Fold，如果是RNA，則將標記為RNA Fold。

　　2、折疊預(yù)測由Vienna package RNAfold工具執(zhí)行。

　　使用“查看選項”，可以打開/打開和著色基礎(chǔ)，翻轉(zhuǎn)坐標，突出顯示序列的開始（藍色）和結(jié)束（紅色）并旋轉(zhuǎn)模型。與其他查看器一樣，您可以放大模型并拖動視圖，或者使用與序列查看器相同的鍵盤修改器使用滾輪。選擇在序列視圖和折疊視圖之間同步。此外，在拆分視圖模式下，折疊查看器在放大時將滾動到所選區(qū)域。默認情況下，將使用“按概率顏色”，其中紅色堿基是堿基在配對區(qū)域中彼此配對或在未配對區(qū)域中不配對的可能性最大的堿基。綠色是中間點，藍色是最低的概率。僅當使用分區(qū)功能時，才可以按概率進行顏色設(shè)置。更改它們的設(shè)置時，“計算選項”將重新運行RNAfold，因此，根據(jù)序列的大小，可能會有明顯的重新計算時間。

　　二、3D蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)查看器

　　對于分子結(jié)構(gòu)文檔，例如PDB文檔，這將顯示該結(jié)構(gòu)的交互式三維視圖。

　　1、結(jié)構(gòu)視圖操縱

　　單擊并拖動鼠標以旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)。

　　按住Alt或Shift鍵，然后單擊并拖動以放大/縮小

　　按住Ctrl鍵，然后右鍵單擊并拖動以進行平移；如果使用Mac，請按住并按住Ctrl鍵和Alt / Option，然后拖動以進行平移。

　　2、選擇控件

　　結(jié)構(gòu)右側(cè)是控件，可讓您控制結(jié)構(gòu)的選定部分。

　　如果您正在查看的結(jié)構(gòu)包含多個模型，則可以在模型組合框中進行選擇。

　　選擇按鈕使您可以選擇結(jié)構(gòu)的全部，無選擇或未選擇的區(qū)域，以及按元素，組類型或輔助結(jié)構(gòu)選擇。

　　突出顯示選中的復(fù)選框可讓您選擇是否在結(jié)構(gòu)視圖中突出顯示選定的原子。

　　結(jié)構(gòu)樹以樹格式顯示結(jié)構(gòu)中的原子。單擊樹中的區(qū)域以選擇那些區(qū)域。您也可以按住Shift鍵和Ctrl鍵單擊一次以選擇多個區(qū)域。

　　該命令框使您可以鍵入任意的jmol腳本命令。要查看一些示例，請在框的下拉菜單中選擇一個預(yù)先填充的選項。

　　3、顯示菜單

　　查看器頂部是顯示菜單。您可以在此處修改結(jié)構(gòu)的外觀。

　　“重置”使您可以重置結(jié)構(gòu)的位置，將結(jié)構(gòu)的外觀重置為默認外觀，或者將結(jié)構(gòu)的外觀重置為其上次保存時的外觀。

　　顏色使您可以更改原子所選區(qū)域的配色方案。

　　樣式可讓您將分子所選區(qū)域的樣式更改為例如空格或卡通視圖。

　　原子使您可以隱藏原子或更改分子在選定區(qū)域中的大小。您還可以選擇是否顯示氫原子和原子符號。

　　鍵使您可以隱藏鍵或在分子的選定區(qū)域中更改鍵的大小。共價鍵/離子鍵，氫鍵和二硫鍵可分別受影響。

　　“效果”使您可以切換整個分子的自旋，抗鋸齒，立體和平板效果。

　　保存可保存分子的當前外觀。

　　三、查看，編輯和提取注釋

　　1、注釋用于描述和可視化序列和比對中的特征，例如編碼區(qū)域，限制位點和重復(fù)元件。 注釋可以直接在序列查看器中的序列上注釋，也可以在邏輯上分為軌道。 軌道是一個或多個注釋類型的集合。 軌道垂直堆疊在所討論的序列下方，每個軌道及其注釋都有單獨的一行。

　　2、批注可能具有一個或多個與之關(guān)聯(lián)的屬性或限定符。 這些可以在創(chuàng)建注釋時添加，也可以在以后通過編輯注釋添加。 要查看給定注釋的屬性，請將鼠標放在序列查看器中。 這將顯示一個工具提示，列出該批注的名稱，類型，長度，間隔和順序以及任何其他限定符，通過將鼠標懸停在注釋上來顯示注釋屬性和限定符

　　四、填充注釋

　　Geneious Prime 2021具有許多為序列添加注釋的功能。 它們可以手動添加，從外部來源導(dǎo)入，從其他序列轉(zhuǎn)移或作為結(jié)構(gòu)或基因預(yù)測步驟的一部分添加。

【破解說明】

　　1、首先從本站下載數(shù)據(jù)包然后解壓，得到安裝程序“Geneious_Prime_win64_with_jre.msi”，鼠標雙擊運行進入安裝向?qū)c擊“next”進入下一步

　　2、選擇第一項“I accept the terms of the license agreement”(我接受許可協(xié)議的條款)，再點擊“next”進入下一步|

　　3、選擇安裝位置，默認路徑為“C:\Program Files\Geneious Prime\”，建議最好不要安裝到系統(tǒng)盤（C盤）

　　4、勾選“create a dessktop icon”(創(chuàng)建一個桌面圖標)

　　5、軟件安裝需要一些時間請耐心等待即可

　　6、當安裝完成后點擊“finish”即可退出安裝向?qū)?/p>

　　7、安裝完成后先不要運行，回到剛才下載的數(shù)據(jù)包中將破解補丁復(fù)制道軟件的安裝目錄中替換原文件即可

　　8、最后軟件軟件即可開始免費使用，破解完成