OVITO中文版是一款功能強(qiáng)大的分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件，能夠幫助用戶輕松進(jìn)行各種分子動(dòng)力的模擬，為研究分子之間的運(yùn)動(dòng)提供了幫助。軟件操作操作簡(jiǎn)單便捷，非常適合需要研究分子動(dòng)力學(xué)的用戶，滿足用戶的各種分子運(yùn)動(dòng)研究需求。

【使用教程】

【如何利用 OVITO找弗倫克爾缺陷】

　　利用 OVITO 找弗倫克爾缺陷對(duì)需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是結(jié)構(gòu)演化前的坐標(biāo)文件，一個(gè)是結(jié)構(gòu)演化過程的坐標(biāo)文件（這個(gè)是利用 LAMMPS 的 dump 命令進(jìn)行輸出）。以我上次最后給出的演化示意圖的制作為例，一共用到了 OVITO 的十個(gè)功能，我在下方圖中標(biāo)了出來。具體操作過程如下：

　　將演化過程的文件導(dǎo)入 OVITO 軟件后，選取下圖2中標(biāo)注 1 處（Filecontains time series），告訴 OVITO 該文件是個(gè)演化過程文件，隨后選擇下圖中標(biāo)注 2  處（Add modification），這里面幾乎包含了 OVITO 軟件的所有功能，有興趣的同學(xué)可以去探索一下。在圖2 中標(biāo)注 2 處里面找到并選取 Wigner - Seitz defect analysis (這也是 NC 文章中所提到的缺陷分析方法)；

　　接著點(diǎn)擊下圖 標(biāo)注 5 處導(dǎo)入演化前的結(jié)構(gòu)文件。然后會(huì)在圖3 中標(biāo)注 6 處發(fā)現(xiàn)軟件告訴你找到幾個(gè)空位和幾個(gè)間隙子（一般情況下這兩個(gè)值是相等的），繼續(xù)點(diǎn)擊圖3 中標(biāo)注 7 處（播放鍵），OVITO 便會(huì)自動(dòng)統(tǒng)計(jì)演化過程中每個(gè)時(shí)刻產(chǎn)生的空位數(shù)目和間隙子數(shù)目。

　　但是，NC 文章中的演化圖中只有空位和間隙子，并不是 Fe 原子 ~，繼續(xù)選取 Add modification 處，找到里面的 Expression select（圖4 中標(biāo)注 8 處），選取后 OVITO 會(huì)給你一個(gè)方框，在里面填寫 Occupancy==1 (這是告訴 OVITO 讓它將沒有離開晶格位置的 Fe 原子都選中)，然后在 2 處選擇 Delete selected particles（圖中標(biāo)注 9 處），讓 OVITO 將這些 Fe 原子都刪掉，這樣就只剩下空位和間隙子了，接著再次重復(fù)一下 Expression select 這個(gè)過程，選取 Occupancy == 2 或者 0 (這是告訴 OVITO 讓它將間隙子或者空位都選中)，然后在 Add modification 中找到 Assign color（圖4中標(biāo)注 10 處），給選中的空位或者間隙子賦予自己喜歡的顏色，隨后再次點(diǎn)擊播放鍵，OVITO 將為你展示完整的缺陷演化過程。至于圖2 中標(biāo)注 3，4 這兩個(gè)地方，一個(gè)是輸出演化過程視頻文件，一個(gè)是輸出單張圖片。

【如何利用 OVITO 做類似 NC 文章中的位錯(cuò)環(huán)分析】

　　由于本人重復(fù) NC 文章級(jí)聯(lián)碰撞過程使用的體系很小，所以根本形成不了位錯(cuò)環(huán)，因此很干脆的在 Fe 當(dāng)中手動(dòng)的建了一個(gè)位錯(cuò)環(huán)，這里再給各位安利一個(gè)建模軟件，Atomsk，一款金屬材料界建模利器（多晶，晶界，位錯(cuò)以及界面等等），有興趣的同學(xué)可以百度一下，以下是用 OVITO 展示了我用 Atomsk 建的一個(gè) Fe 的位錯(cuò)環(huán)（導(dǎo)入坐標(biāo)文件后直接在 Add modification 中選取 Dislocation analysis（DXA）即可）：

　　可以看到 OVITO 不僅幫忙找出了位錯(cuò)環(huán)，而且還能幫忙指出了幾個(gè)位錯(cuò)環(huán)，各個(gè)位錯(cuò)環(huán)的長(zhǎng)度以及其伯格斯矢量（對(duì)應(yīng) NC 文章的 fig.3）。