cytoscape中文破解版是一款方便易用的信息數(shù)據(jù)分析編輯軟件。該軟件界面美觀，可以讓我們分析各種數(shù)據(jù)，通常被使用在生物信息分析等領域，通過多種形式的網(wǎng)絡圖形為用戶顯示分析結果，讓我們可以更方便地了解數(shù)據(jù)之間的關聯(lián)和變化趨勢。

【功能特點】

　　以多種標準格式加載分子和遺傳相互作用數(shù)據(jù)集

　　項目和集成全局數(shù)據(jù)集和功能注釋

　　在這些數(shù)據(jù)之間建立強大的可視化映射

　　使用細胞視圖應用程序執(zhí)行高級分析和建模

　　可視化和分析人為策劃的路徑數(shù)據(jù)集，如維基路徑、反應堆和KEGG。

【使用說明】

　　1. 安裝并打開Cytoscape

　　2. 導入蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫中參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡

　　網(wǎng)絡文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安裝目錄下有Sample Data，是部分網(wǎng)絡文件的示例。

　　本地導入?yún)⒖嘉锓N的蛋白互作網(wǎng)絡

　　Cytoscape默認將文件第一行作為列名。如果文件第一行是基因，在導入網(wǎng)絡時要在Advanced Options中取消用第一行作為列名。

　　然后選擇每一列數(shù)據(jù)的屬性，包括Source Node、Interaction Type、Target Node、Edge Attribution、Source Attribution、Target Attribution等，同時對應不同顏色和圖標標記。

　　導入后，右上部窗口內(nèi)展示蛋白互作網(wǎng)絡圖，右下部為網(wǎng)絡圖的相關節(jié)點 (Node) 及邊 (Edge) 的數(shù)據(jù)信息。左側為導入的網(wǎng)絡目錄和網(wǎng)絡屬性 (Style) 設置菜單。

　　從公共數(shù)據(jù)庫中獲得參考物種的蛋白互作網(wǎng)絡

　　例如要導入某個物種的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡：選擇物種和想要查看的數(shù)據(jù)庫，搜索包含該物種蛋白互作網(wǎng)絡的數(shù)據(jù)庫，導入數(shù)據(jù)(時間稍長)。

　　3. 在Layout選項下可以選擇方便觀測的布局(默認導入的布局方式為Perfuse Force Directed Layout)。

　　4. 設置網(wǎng)絡節(jié)點和邊的風格 (Style)

　　在Style選項卡下Node設置中對點的形狀、顏色、大小等進行設置。例如：選擇Shape為圓形、Fill Color為灰色、節(jié)點的高度 (Meight) 和寬度 (Width) 為50.0。

　　在Style選項卡下Edge設置中對邊的形狀、顏色、大小等進行設置。例如，將連線的顏色設置為藍色，同時設置到Target方向的箭頭同樣為藍色。

　　5. 導入差異表達基因及其屬性列，映射到互作網(wǎng)絡中作為各節(jié)點的拓撲性質(zhì)。

　　選取目標網(wǎng)絡、設置關鍵列 (Column1)、選擇需要的節(jié)點屬性列(可以選取多列，本例選取Column2，并重命名為Label，其中為up/down數(shù)據(jù))。

　　6. 根據(jù)上下調(diào)基因 (up/down) 標示網(wǎng)絡，定義上調(diào)基因 (up) 為紅色，下調(diào)基因 (down) 為藍色。

　　7. 導出數(shù)據(jù)

　　導出圖像Export Network as Graphics。

　　導出數(shù)據(jù) Export Table。

　　可導出數(shù)據(jù)面板中的網(wǎng)絡節(jié)點、邊和整體網(wǎng)絡的信息。

　　在彈出窗口編輯導出文件名。