Chromas 是一款非常專業(yè)的dnf序列分析軟件，通過它可以打開ab1、scf、ztr格式的圖譜文件，通過Chromas可以對這些圖譜進行有效的分析，軟件支持自動刪除低質(zhì)量序列和矢量序列，同時軟件還支持將圖譜進行格式轉(zhuǎn)換，從而方便使用其它軟件打開。

【功能介紹】

　　1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。

　　2、打開由其他序列發(fā)生器創(chuàng)建或從數(shù)據(jù)庫檢索的SCF和ZTR格式色譜圖文件。

　　3、保存為.scf或Applied Biosystems .ab1格式。

　　4、打印色譜圖，其中包含縮放或適合一頁的選項。

　　5、自動刪除低質(zhì)量序列(當(dāng)質(zhì)量數(shù)據(jù)可用時)或矢量序列。

　　6、以純文本，F(xiàn)ASTA，F(xiàn)ASTQ，EMBL，GenBank或??GCG格式導(dǎo)出序列，或使用基本編號格式化以進行演示。

　　7、將序列以純文本，F(xiàn)ASTA或FASTQ格式復(fù)制到剪貼板，以粘貼到其他應(yīng)用程序中。

　　8、反轉(zhuǎn)和補充序列和色譜圖。

　　9、通過精確匹配或最佳對齊搜索子序列。

　　10、顯示3幀中的翻譯以及序列。

　　11、復(fù)制色譜圖部分的圖像以粘貼到文檔或演示文稿中。

　　12、批處理，包括格式轉(zhuǎn)換，帶矢量刪除的序列導(dǎo)出，批量打印和原始數(shù)據(jù)的批量導(dǎo)出。

　　13、使用Nucleics Pty Ltd的PeakTrace RP組件增強.ab1文件，以提高峰值可讀性并提取更多高質(zhì)量的基礎(chǔ)。

【使用方法】

　　1、選擇File菜單打開一個序列文件，或者直接通過Open打開。

　　2、一般測序中一個反應(yīng)大概能測的長度為800左右，由于熒光染料的干擾和機器性能，測序結(jié)果在最開始和最后面的時候有幾十個堿基不準(zhǔn)確，如下圖中紅框的部分。評判測序結(jié)果的時候可以忽略前50個和后50個堿基。

　　3、我們通過工具欄的縮放工具，可以放大或者縮小整個視圖：

　　通過上圖可以看出，不同堿基對應(yīng)不同的顏色。

　　4、通過工具欄的“Find'工具，可以查找某個序列：

　　5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數(shù)據(jù)庫，將序列進行Blast，省去了我們打開NCBI等數(shù)據(jù)庫然后復(fù)制序列再比對的麻煩：

　　點擊OK之后出現(xiàn)如下界面，然后點擊“View report”即可。

　　6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質(zhì)功能，點擊“Options->Show Translations->All”顯示三條蛋白質(zhì)翻譯序列。這里之所以顯示三條，是因為Chromas不知道你的序列翻譯的起始位點，所以如果你的序列是cDNA序列，那么這三條蛋白質(zhì)序列中總有一條是你想要的，這在我們做蛋白質(zhì)點突變的時候非常有用。當(dāng)然如果你的是啟動子等其他序列，這個功能是多余的。

　　7、我們可以將序列導(dǎo)出，并且可以設(shè)置導(dǎo)出的間隔、分行、以及是否顯示序號，下面的設(shè)置中代表每60個堿基一行。

　　8、當(dāng)然可能會有同學(xué)想說，如果我想把測序峰圖放在文章中，我該怎么弄?Chromas沒有存儲為圖片的選項，這時可能有同學(xué)就想用截圖了，這里Chromas可以存儲為PDF格式，在“File”里面選擇Print 預(yù)覽，然后選擇PDF即可。

　　導(dǎo)出來之后就得到PDF格式的峰圖了，這是矢量圖，可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。