Beacon Designer 是一款專為生物實(shí)驗(yàn)相關(guān)行業(yè)所打造的設(shè)計(jì)工具。軟件能夠結(jié)合一些化學(xué)的公式使用，您可以在分析生物數(shù)據(jù)的時(shí)候加載一些化學(xué)的公式到軟件上標(biāo)注，軟件還能夠?qū)⒎治龅纳飻?shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因模型的方式查看。

【功能介紹】

　　SYBR Green 試驗(yàn)設(shè)計(jì)：SYBR Green 可能是實(shí)時(shí)PCR中最常用的化學(xué)分子。BeaconDesigner?可以設(shè)計(jì)SYBR? Green PCR引物，并且可以幫助您進(jìn)行前導(dǎo)引物評估。您可以自主控制設(shè)計(jì)參數(shù)或者直接選擇由專家研究和交流后得到的默認(rèn)值。同時(shí)您還可以針對特殊的實(shí)驗(yàn)需要自己設(shè)置默認(rèn)值。除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 還可以跨內(nèi)顯子-內(nèi)顯子或外顯子-外顯子設(shè)計(jì)引物。跨外顯子內(nèi)含子連接的引物設(shè)計(jì)有助于選擇性地從gDNA中擴(kuò)增得到cDNA。

　　HRMA 試驗(yàn)設(shè)計(jì)：Beacon Designer 提供了一個(gè)檢測突變的高效方法。相對于以探針為基礎(chǔ)的基因型分析，HRMA更經(jīng)濟(jì)實(shí)惠。該軟件運(yùn)用一種特有的專利的算法，能夠設(shè)計(jì)出檢測突變的最好引物。

　　HRMA引物被設(shè)計(jì)將感興趣的突變設(shè)計(jì)于最短的擴(kuò)增子，能夠檢測到解鏈溫度變化。引物避免了模板的二級(jí)結(jié)構(gòu)，保證了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比對核苷酸信息來檢測特異性。此外，預(yù)引物和已經(jīng)發(fā)表的引物同樣可以用來檢測。

　　雙標(biāo)簽探針設(shè)計(jì)

　　Beacon Designer目前支持基于四種探針的化學(xué)反應(yīng)：

　　TaqMan 探針：使用Beacon Designe能夠幫助您研究不同基因表達(dá)以及單核苷酸多態(tài)性。同樣，您可以選擇LNA替代taqman探針，它比taqman探針更加穩(wěn)定。Beacon Designer?可以幫助您設(shè)計(jì)甲基化的taqman探針。MethyLight 是一個(gè)高通量的分析，用來區(qū)別甲基化和非甲基化的DNA。通過Beacon Designer?，可以通過設(shè)定甲基化和非甲基化鏈，以及未處理DNA序列的寡核苷酸來適當(dāng)?shù)乜刂埔锖吞结樀脑O(shè)計(jì)。您可以使用這些化學(xué)物評估pre-designed/published的引物或TaqMan?探針。設(shè)計(jì)完成之后，系統(tǒng)會(huì)根據(jù)不同的寡核苷酸屬性將設(shè)計(jì)的結(jié)果按性能排序并給出一個(gè)結(jié)果列表。

　　分子信標(biāo)：設(shè)計(jì)或評估標(biāo)準(zhǔn)分子信標(biāo)或用于NASBA分析的分子信標(biāo)。NASBA是一個(gè)依賴引物的技術(shù)，用于單一混合物在一個(gè)溫度下的連續(xù)擴(kuò)增。您可以設(shè)計(jì)單一溫度或多反應(yīng)的分子信標(biāo)。

　　Scorpions：Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設(shè)計(jì)。Scorpions分析不依賴于探針的酶活性口袋。引物和探針在反應(yīng)過程中緊密的偶聯(lián)。

　　FRET探針：Beacon Designer可以對之前設(shè)計(jì)的FRET探針進(jìn)行再設(shè)計(jì)和評估。BeaconDesigner 中，F(xiàn)RET探針能與SYBR? Green偶聯(lián)在一起。

　　多重實(shí)時(shí)PCR分析：利用Beacon Designer，您可以根據(jù)多重實(shí)時(shí)PCR分析設(shè)計(jì)TaqMan?，可多達(dá)5條包含參考基因選擇的序列。

【軟件特色】

　　提供了多種引物的分析功能

　　可以在生物序列上完成更多的基因分析

　　支持使用基因突變的序列加載到實(shí)驗(yàn)上分析

　　支持使用DNA引物分析查看實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的變化

　　支持在生物分析上擴(kuò)展數(shù)據(jù)的變化以及外部分子

　　支持建立多種基因的序列分析

　　可以幫助您測試氨基酸的研究數(shù)據(jù)

　　可以讓您在分析生物序列的時(shí)候獲得更好的指標(biāo)

　　支持將測試的單核苷酸生成圖形顯示

　　支持生物鏈的制作以及基因模型制作