Jmol 是一款基于HTML5瀏覽器和獨(dú)立Java瀏覽器的3D化學(xué)結(jié)構(gòu)的開源瀏覽器，主要用于瀏覽和編輯分子模型和二級(jí)結(jié)構(gòu)示意圖，可以測(cè)量距離、鍵角和扭轉(zhuǎn)角，支持CML，GAMESS，Ghemical等文件格式，具有開源自由的特點(diǎn)。

【功能特色】

　　1、適用于所有現(xiàn)代瀏覽器的HTML5 / canvas圖形，包括iOS和移動(dòng)設(shè)備

　　2、極低的占地面積選項(xiàng)(50K)，用于簡(jiǎn)單的交互式結(jié)構(gòu)顯示

　　3、其他服務(wù)器端Java，獨(dú)立Java和簽名Java小程序選項(xiàng)

　　4、完整的晶體學(xué)對(duì)稱能力

　　5、加載許多曲面格式并??動(dòng)態(tài)創(chuàng)建和顯示曲面

　　6、易于定制的基于Web的界面兼容(并且需要)jQuery

　　7、記錄良好的腳本語(yǔ)言，包含1000多個(gè)令牌

　　8、讀取超過60種文件格式，包括PyMOL(PSE)會(huì)話文件

　　9、從體積(CUBE)數(shù)據(jù)創(chuàng)建高度壓縮(300：1)表面文件

　　10、導(dǎo)出為GIF，JPG，PNG，PDF，WRL，POV-Ray，OBJ格式

　　11、為純HTML5應(yīng)用程序使用定制的，優(yōu)化的Java-to-JavaScript編譯

　　12、用于客戶端JavaScript的Swing和PDF導(dǎo)出的通用JavaScript庫(kù)

　　13、JSpecView模塊功能：

　　14、閱讀JCAMP-DX，CML，AnIML格式

　　15、交互式實(shí)際和預(yù)測(cè)的1H NMR光譜

　　16、交互式IR，拉曼，NMR，GC / MS，UV / VIS光譜

　　17、光譜以PDF格式生成

【使用說明】

　　利用Jmol軟件顯示分子3D模型

　　用Jmol軟件顯示分子3D模型主要有兩種方式：一是利用本地Jmol軟件顯示分子模型，只需打開軟件后，打開或拖拽入需顯示的前述兼容格式的分子模型即可；二是在網(wǎng)頁(yè)中調(diào)用Jmol程序顯示分子模型，這需要一定的HTML語(yǔ)言和Java語(yǔ)言知識(shí)（可參考網(wǎng)絡(luò)教程[11]），例如將甲烷3D模型（methane.pdb）嵌入本地HTML網(wǎng)頁(yè)，可利用Dreamweaver建立HTML網(wǎng)頁(yè)，則要按圖1編寫HTML代碼，需注意調(diào)用Jmol.js和methane.pdb的相對(duì)地址，圖1中HTML代碼是網(wǎng)頁(yè)和他們都處于同一目錄，完成后打開網(wǎng)頁(yè)即可得到最簡(jiǎn)單的網(wǎng)頁(yè)Jmol3D交互模型。

　　Jmol3D模型交互操作

　　Jmol3D模型的交互操作可粗略分為：腳本交互和鼠標(biāo)交互兩種，前者是利用編程技術(shù)將交互內(nèi)容事先編好，要求使用者具有一定的Java編程基礎(chǔ)，適于Jmol3D模型開發(fā)者，有興趣的讀者可參閱Robert M. H開發(fā)的Jmol交互式腳本文檔網(wǎng)站進(jìn)行查詢和學(xué)習(xí)[14]；后者則更適于普通用戶，用戶只需要操作鼠標(biāo)（少數(shù)需要鍵盤配合）即可完成對(duì)模型轉(zhuǎn)動(dòng)、縮放、顯示鍵角、顯示鍵長(zhǎng)等數(shù)十種交互操作。

　　鼠標(biāo)交互操作又可細(xì)分成鼠標(biāo)操作和鼠標(biāo)右鍵操作，鼠標(biāo)右鍵操作內(nèi)容豐富，操作時(shí)在Jmol程序運(yùn)行界面內(nèi)點(diǎn)擊右鍵即可看到：“模型1/1、設(shè)置、選擇、查看、樣式、顏色、表面、對(duì)稱性、縮放、旋轉(zhuǎn)、振動(dòng)、動(dòng)畫、測(cè)量、鼠標(biāo)拾取、控制臺(tái)、顯示、文件、計(jì)算、語(yǔ)言、關(guān)于”等20項(xiàng)右鍵一級(jí)菜單，繼續(xù)點(diǎn)擊可看到這些菜單下的數(shù)十項(xiàng)供選擇的子菜單，本文只對(duì)鼠標(biāo)右鍵菜單常用操作以及最新版本新出現(xiàn)的操作進(jìn)行簡(jiǎn)介。