LeDock 是一款靈活實(shí)用的小分子對(duì)接軟件，為了快速準(zhǔn)確地將小分子對(duì)接成蛋白質(zhì)而設(shè)計(jì)的。在Astex多樣性集上，它實(shí)現(xiàn)了大于90%的位姿預(yù)測(cè)精度，并且對(duì)于藥物樣分子，每次運(yùn)行大約需要3秒鐘。它導(dǎo)致從高通量虛擬篩選運(yùn)動(dòng)中發(fā)現(xiàn)新的激酶抑制劑和溴代氨酶拮抗劑。它直接使用SybYLMOL2格式作為小分子的輸入。Windows操作系統(tǒng)上的圖形版本極大地簡化了藥物化學(xué)家的常見多重復(fù)雜的對(duì)接過程。

【功能特點(diǎn)】

　　位姿預(yù)測(cè)的高精度

　　用戶友好的虛擬篩選和點(diǎn)擊細(xì)化

　　非?？?/p>

【使用說明】

　　1. 抽取受體。

　　直接運(yùn)行 LeDock.exe

　　結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)，Lepro可以自動(dòng)去除雜原子，并加氫，殘基的名字也改為charmm的命名方式。Arg226在晶體結(jié)構(gòu)中構(gòu)象不確定，Lepro自動(dòng)保存第一個(gè)；

　　2. 對(duì)接的盒子

　　Lepro還產(chǎn)生一個(gè)dock.in的對(duì)接配置文件：

　　輸入文件包含以下信息：

　　//

　　Receptor

　　pro.pdb

　　RMSD

　　1.0

　　Binding pocket

　　xmin xmax

　　ymin ymax

　　zmin zmax

　　Number of binding poses

　　20

　　Ligands list

　　ligands.list

　　//

　　“Receptor”、“Binding pocket”、“Number of binding poses”和“Ligands list”是關(guān)鍵詞，不可更改。