PyMOL 是一款專業(yè)可視化的三維結(jié)構(gòu)顯示工具，支持多種圖像格式，包括pdb、sdf等，軟件提供了創(chuàng)建相應(yīng)的分子動(dòng)畫必備的工具，同時(shí)還可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)插值，循環(huán)和光線跟蹤幀，圖像幀緩存，慢動(dòng)作模擬等操作。

【功能亮點(diǎn)】

　　統(tǒng)一的現(xiàn)代用戶界面

　　PyQt接口取代TCL/TK和MacPyMOL在所有平臺(tái)上

　　蟒蛇分布

　　更好的第三方插件和自定義腳本支持

　　開放存取激勵(lì)可執(zhí)行文件

　　自由評(píng)價(jià)政策

【軟件特色】

　　1、提供了強(qiáng)大實(shí)用的繪圖工具

　　2、PyMOL支持多種圖像格式，包括PDB、SDF

　　3、生成的PyMOL結(jié)構(gòu)可以導(dǎo)出到VRML

　　4、PyMOL可以使用各種圖像表示方法顯示分子數(shù)據(jù)

　　5、具有可定制的顏色，結(jié)構(gòu)標(biāo)簽，可調(diào)對(duì)象透明度，輸出和控制大小，自動(dòng)縮放，文本覆蓋和可定制的鼠標(biāo)控件

【使用教程】

　　文件的打開有兩種方式：一種是將pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一種是從菜單欄File/Open打開文件。打開方式與大多數(shù)軟件相似，打開后的結(jié)果如下圖。

　　更改模型的顯示方式。點(diǎn)擊all圖層上的H(Hide)標(biāo)簽，隱藏所有的顯示方式對(duì)應(yīng)的模型;點(diǎn)擊all圖層上的S(Show)標(biāo)簽，選擇所需的模型顯示方式(這里選擇cartoon);點(diǎn)擊all圖層上的C(Color)標(biāo)簽，更改模型著色方式，這里選spectrum，顏色選rainbow。下圖是更改顯示方式后的效果。

　　鼠標(biāo)對(duì)模型的操作。常用的鼠標(biāo)操作方式如下表，選擇合適的顯示視角即可。

　　鼠標(biāo)操作方式：

　　按下鼠標(biāo)左鍵拖動(dòng)：模型圍繞指針旋轉(zhuǎn)

　　按下鼠標(biāo)中鍵拖動(dòng)：平移

　　按下鼠標(biāo)中鍵拖動(dòng)：放大縮小

　　圖片的渲染與導(dǎo)出。只需要在命令行輸入“ray 900,900”，隨后按回車鍵即可進(jìn)行光影著色。這里的數(shù)字900是圖片的長和寬的像素?cái)?shù)，根據(jù)需求自由設(shè)置。渲染完成后的效果如下(注意：此時(shí)點(diǎn)擊渲染好的圖片又會(huì)返回模型編輯模式)。

　　最后，選擇file/Save Image As/PNG...即可導(dǎo)出圖片到指定位置。最終導(dǎo)出的模型的效果結(jié)果如下。

【命令語法】

　　PyMOL> keyword argument

　　但并不是所以命令都需要變量，比如退出命令，我們就可以直接輸入PyMOL>quit,然而需要變量的命令依舊占據(jù)了大多數(shù)，可以分為單變量命令和多變量命令，單變量命令指的是對(duì)于某些命令，我們只可以輸入一個(gè)變量，比如放大命令zoom，但是同時(shí)你會(huì)發(fā)現(xiàn)不加任何變量這個(gè)命令也可以被執(zhí)行，這是因?yàn)镻yMOL對(duì)單變量命令有一個(gè)默認(rèn)的變量，對(duì)于放大命令zoom來說，all就是它的默認(rèn)變量，即

　　PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

　　多變量命令可以帶多個(gè)變量，比如說假如我想將對(duì)象的的顏色變?yōu)榧t色，我們可以使用 PyMOL>color red這個(gè)命令，但是操作后我們會(huì)發(fā)現(xiàn)這樣的命令沒有辦法指定某一部分變色，于是我們可以選中我們需要的部分，采用以下的命令

　　PyMOL>color green，sele

　　這里的sele就是除了顏色以外的第二個(gè)變量。

【更新日志】

　　V2.2.0（2018.7.24）

　　新版特征：

　　具有基本樣式（顏色、表示、標(biāo)簽）的MAE出口

　　群層次的MAE導(dǎo)出

　　核酸誘變向?qū)?/p>

　　具有屬性的MAE導(dǎo)出

　　圖形界面：

　　對(duì)象菜單中的分組：A>組>…

　　從序列查看器更新二級(jí)結(jié)構(gòu)：右擊> SS>…

　　原子右鍵單擊>對(duì)象>禁用其他

　　開放源碼PyMOL更新：

　　shaders移植和相關(guān)的圖形代碼從pymol：激勵(lì)

　　改進(jìn)的標(biāo)簽：多線支持，背景顏色，連接器（_ *各種標(biāo)簽設(shè)置）

　　支持背景圖像（圖像文件名_ _ BG）

　　透明（透明度_階獨(dú)立模式（3）

　　固定棒_球設(shè)置

　　“線”的碰撞與固定在低端的圖形驅(qū)動(dòng)程序

　　移動(dòng)到GitHub的代碼庫

　　bug修復(fù)：

　　雙通配符選擇（A*B*C）https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/209/

　　APBS插件：4位坐標(biāo)處理（例如x>＝1000）

　　SDF出口：不要寫零級(jí)債券

　　批處理模式：https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/36301454/

　　狀態(tài)之間的距離測量