Cytoscape是款簡單實用的生物信息分析軟件。用戶可以通過這款軟件整合模塊化網(wǎng)絡(luò)和生物科學(xué)聯(lián)系網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，有喜歡的用戶不要錯過了。

【使用說明】

　　一、輸入文件

　　支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導(dǎo)出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過濾。

　　1、 edge文件格式：

　　tsv（制表符分隔的txt是一樣的），csv（逗號分隔的），xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點，第三列是目標(biāo)節(jié)點，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，這里的作用關(guān)系標(biāo)示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡(luò)設(shè)置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個問題，后面解釋。

　　2、 node屬性文件

　　可以導(dǎo)入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡單的基因名字。

　　二、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

　　可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學(xué)習(xí)，也可以直接選擇空的network用來導(dǎo)入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個已經(jīng)做好的網(wǎng)絡(luò)的例子：

　　用戶界面

　　1、 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

　　2、 導(dǎo)入屬性文件

　　3、 布局

　　三、高級功能

　　1、調(diào)整樣式

　?。?）基本樣式

　?。?）節(jié)點樣式

　?。?）邊樣式

　　2、改節(jié)點名稱

　　3、改邊的顏色

　　4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)各項指標(biāo)統(tǒng)計

　　得到的結(jié)果會出現(xiàn)在一個新的面板當(dāng)中：

　　5、改變節(jié)點大小

　　這里需要強(qiáng)調(diào)很重要的一點是，在對這里的改變節(jié)點大小進(jìn)行操作之前，如果是想通過節(jié)點連接的邊的數(shù)量進(jìn)行梯度設(shè)定的話，是必須要進(jìn)行上面第四步的統(tǒng)計分析的，否則沒有Degree選項出現(xiàn)：

　　雙擊上面梯度設(shè)置的區(qū)域可以出來控制面板進(jìn)行修改：

　　四、選擇過濾

　　1、節(jié)點的選擇

　　?2、子網(wǎng)絡(luò)的選擇與分離

　　六、導(dǎo)出圖片

　　數(shù)據(jù)的導(dǎo)出可以是網(wǎng)絡(luò)文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標(biāo)的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個是快速導(dǎo)入文件的圖標(biāo)：

　　生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達(dá)分析

　　Cytoscape還可以導(dǎo)入基因的表達(dá)值，將不同的表達(dá)值進(jìn)行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分?jǐn)?shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡(luò)上學(xué)到的圖片做了幾個截圖：

　　八、其它

　　Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫，右鍵點擊相應(yīng)節(jié)點，出現(xiàn)的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫：

　　此外，基于大量功能強(qiáng)大的插件的開發(fā)，以下的功能也很全面：

　　GO分析：BiNGO

　　Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等

　　模塊與復(fù)合物分析：jActiveModules+BiNGO